南樹林站係「臺鐵都會區捷運化暨區域鐵路後續建設計畫（基隆－苗栗段）」修正計畫，於樹林站與山佳站間新建之通勤車站，距離樹林站2公里，周遭大多為工業區，並緊鄰樹林調車場，提供地方居民、工廠上班員工乘車通勤之便利，車站面臨30公尺寬中山路二段，有8條公車路線可供轉乘。
南樹林站採用鋼骨混凝土之3層結構設計，於西部幹線上下行路線中央新建1座長240公尺島式月台，可容納12節列車停靠。站房為曲面屋頂，如同大樹之意象，同時做為雨水回收及太陽能光電板之設置，具綠建築概念。屋頂運用透光型太陽能板及網印玻璃，創造陽光從樹梢灑落下來的情境。屋頂結構以鋼構與集成材為主，柔和建築物剛硬的視覺感受。大面積空間的流線型屋頂形式，創造3樓乘客等待及搭乘時的舒適感。站體外牆以大樹之型態作為裝飾，融合地方地名，啟用後將成為該區域之地標。
在營運方面南樹林站1樓為商業空間，2樓為機電室設有公共空間並有植栽造景，3樓為售票及進出車站乘車處所，設有電腦售票機、自動售票機、電子票證驗票機及男女廁所、無障礙廁所等旅運設施，車站非付費區及付費區各設有1部升降電梯，無障礙設施完備。
為慶祝南樹林站啟用，並發售紀念套票，發售相關事宜詳列如下：
(一)套票主題：南樹林站啟用紀念套票(內含南樹林站薄紙式「上下午紀念月臺票」各1張及南樹林站至樹林站薄紙式「區間車」車票1張)。
(二)發售日期：104年12月23日(星期三)上午8時整。
(三)發售地點：南樹林站。
1.8時至9時於南樹林站1樓發售處購買。
2.9時以後於南樹林站3樓售票窗口購買。
(四)購買套數限制：每人依序1次限購5套，每套售價新台幣100元。
(五)發售數量：計1,200套，售完為止。
